Сейчас известно 12 мутаций стандартной окраски: 9 рецессивных и 3 доминантных, а так же 10 комбинативных (включающих в себя различные мутации) форм. В связи с интенсивной деятельностью племенной работы с шиншиллой эти цифры постоянно растут.

Окраска дикой стандартной  шиншиллы на спинной части тела голубовато-серая, а на брюшке - белая в виде продольной полосы. Волосы окрашены зонально (три зоны: темно-серая, белая и на конце волоса - черная), что создает "серебристость", или окраску свойственную диким формам многих животных. Такая окраска носит название "агути".

На фермах стандартную шиншиллу по окраске принято разделять на три типа - темная, серая и светлая. У темной почти весь хвост темный, у светлой - только кончик хвоста, называемый "тип". Ценятся те зверьки, которые на волосах у кожи имеют очень небольшую (до 1 мм) светлую зону.

"Не агути" - рецессивная форма окраски шиншиллы с невыраженной зональностью, при этом зверьки имеют однотонную серую окраску.

"Древесный уголь" - рецессивная форма окраски, при которой шиншилла почти черная, с черными глазами.

"Альбинос" - рецессивная форма, при которой в организме шиншиллы какой-либо пигмент отсутствует. Шкура зверька - белого цвета, глаза - красные.

"Белая рецессивная" - форма окраски шиншиллы, похожая на "альбинос", но при этой форме глаза часто бывают изменены по форме. При скрещивании этой мутантной формы со стандартной шиншиллой потомство имеет небольшую белую пятнистость и рубиновый оттенок окраски глаз. Эта форма имеет второе название - "белый камень".

"Туманная" - тоже рецессивная форма окраски, при которой зверек имеет темно-серую шкурку с размытым рисунком.

"Бежевая Салливана" - рецессивная форма, характеризующаяся бежевой шкуркой и красными глазами зверька.

"Бежевая Веллмана" - тоже рецессивная форма . Зверьки отличаются от предыдущей формы черными цветом глаз.Обе бежевые формы при скрещивании дают в потомстве бежевую компаунд-форму.

"Сапфир" - рецессивная форма окраски шиншиллы, по цвету схожая расцветкой стандартной (агути) формы, но без коричневых оттенков. Эта порода славится нежностью опушения. Впервые описана в 1960г. в США. Эта форма известна так же как "голубой карат" и "голубая пудра".

"Пестрая" - рецессивная форма , при которой данный ген дает небольшую белую пятнистость у стандартной и других форм окраски шиншиллы.

"Черный вельвет" - это доминантная форма окраски, Шиншиллы гомозиготные по этому гену (получившие от отца, и от матери ген " черного вельвета") погибают еще в эмбриональный период. В связи с этим шиншилл этой окраски разводят путем скрещивания гетерозигоных особей (имеющих один ген "черный бархат" и один ген "агути" от родителей) со стандартными "агути". В приплоде при этом получают две трети потомства окраски "черный вельвет" и дну треть - "агути". Опушение у окраски шиншилл 2 черный бархат" очень ровное по высоте и оттенкам, в ней имеется резкий контраст (разграничение) цвета темной спины и белого брюшка. В последнее время это более распространенная в мире коммерции форма цветных шкурок. На аукционах она продается значительно дороже стандарта, что компенсирует несколько пониженную плодовитость этой формы. Другое название "черного вельвета" - "артиллерийская черная".

"Бежевая доминантная" - группа известна как в гомозиготной форме, так и в гетерозиготной. Гомозиготная форма характеризуется светло-бежевым цветом шкурки с почти белым пухом (цвет норок "паломино"). Гетерозиготные особи ослабленную окраску "агути" со светло-шоколадной подпушью.

"Белая доминантная" - форма окраски, как и "черный вельвет", в гомозиготном виде не используется, так как такие особи гибнут в эмбриональный период или в первые дни жизни. Разводят белую гетерозиготную шиншиллу, получая две трети желательного молодняка в природе и одну треть стандарта. Окраска меха имеет небольшую желтизну. Эта форма была получена в 1955г. в США ("белая Вильсона") и за рубежом длительное время имела наибольший удельный вес в группе цветных шиншилл. Разновидность этой формы - белая с легкой серебристостью.

С применением указанных выше мутаций звероводами создан ряд комбинированных форм, когда особь имеет несколько мутационных генов. Наиболее популярны сейчас формы с использованием гена "черного вельвета".

"Коричневый вельвет" -  шиншиллы этой формы имеют гены "черного вельвета" и "бежевого доминантной" группы.

"Вельвеко" - сочетают в себе гены "черного вельвета" и "древесного угля".

"Вельвет голубой" - это комбинация трех мутационных генов: "черного вельвета", "древесного угля" и "сапфира".
Три вышеперечисленных комбинации, имеют окраску, близкую к использованным цветовым формам ("бежевой доминантной", "древесный уголь", "сапфир"), обладают ценными качествами черного вельвета.

"Светлая пастель" - имеет комбинацию генов "древесного угля" и "бежевой диминантной".

"Темная пастель" - "древесного угля", "бежевой доминантной" и стандартной шиншиллы.

"Розовая - белая" - "бежевой доминантной" (гомозиготной), "белой доминантной" и стандартной формы. Эта комбинация имеет белую окраску с розовато-бежевым оттенком. Она известна также под названием "яблочный цвет", "желтоватая пудра", " свет звезды".